Church as we use the word refers to all religiousinstitutions, be they Christian, Islamic, Buddhist,Jewish, and so on.

译文：

我们用church这个词来指代所有的宗教机构，包括基督教、伊斯兰教、佛教、犹太教，等等。

点睛：

as we use the word是以church为先行词的定语从句，其中as是the word的同位语。be theyChristian.Islamic...相当于whether they areChristian.Islamic...，表不“不管它们是基督教、伊斯兰教…”，是倒装句的一种情况，省略了whether引导的让步状语从句，常用be+主语+其他。