量子效率 （quantum efficiency） 又称量子产额（quantum yield），是指光合作用中吸收一个光量子所能引起的光合产物量的变化，如放出的氧分子数或固定的CO2的分子数。

光合单位（photosynthetic unit） 最初是指释放1个O2分子所需要的叶绿素数目，测定值为2500chl/O2。若以吸收1个光量子计算，光合单位为300个叶绿素分子；若以传递1个电子计算，光合单位为600个叶绿素分子。而现在把存在于类囊体膜上能进行完整光反应的最小结构单位称为光合单位。它应是包括两个反应中心的约600个叶绿素分子（300×2）以及连结这两个反应中心的光合电子传递链。它能独立地捕集光能，导致氧的释放和NADP的还原。

光合磷酸化（photosynthetic phosphorylation） 光合作用中与电子传递过程相偶联的，即由ADP与Pi形成ATP的过程，称为光合磷酸化。在此过程中形成的ATP所需之能量来自光照。 光合磷酸化通常被分为两种类型，一种为循环光合磷酸化，另一种为非循环光合磷酸化。

光合膜（photosynthetic membrane） 即类囊体膜，这是因为光合作用的光反应是在叶绿体中的类囊体膜上进行的。

光系统Ⅰ（photosystem Ⅰ）缩写为PSⅠ，高等植物的PSⅠ由反应中心、LHCⅠ、铁硫蛋白、Fd、FNR等组成。PSⅠ的生理功能是吸收光能，进行光化学反应，产生强的还原剂，用于还原NADP+，实现PC到NADP+的电子传递。

光系统Ⅱ（photosystem Ⅱ）缩写为PSⅡ，是含有多亚基的蛋白复合体，它由聚光色素复合体Ⅱ、中心天线、反应中心、放氧复合体、细胞色素和多种辅助因子组成。PSⅡ的生理功能是吸收光能，进行光化学反应，产生强的氧化剂，使水裂解释放氧气，并把水中的电子传至质体醌。

光抑制（photoinhibition） 当光合机构接受的光能超过它所能利用的量时，光会引起光合效率的降低，这个现象就叫光合作用的光抑制。

红降现象（red drop） 光合作用的量子产额在波长大于680nm时急剧下降的现象。

荧光（fluorescence） 激发态的叶绿素分子回到基态时，可以光子形式释放能量。处在第一单线态的叶绿素分子回至基态时所发出的光称为荧光。

磷光（phosphorescence） 激发态的叶绿素分子回到基态时，处在三线态的叶绿素分子回至基态时所发出的光称为磷光。

反应中心（reaction center） 发生原初反应的最小单位，它是由反应中心色素分子、原初电子受体、次级电子受体与次级电子供体等电子传递体，以及维持这些电子传递体的微环境所必需的蛋白质等组分组成的。

磷酸烯醇式丙酮酸（phosphoenolpruvate） 缩写为PEP，C4途径中CO2的受体。

磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶（phosphoenolpyruvate carboxylase） 缩写为PEPC，主要存在C4植物叶肉细胞的细胞质中，催化PEP与HCO-3形成草酰乙酸的反应。

水氧化钟（water oxidizing clock） 亦称Kok钟。是解释H2O在光合作用中氧化机制的模型。在20世纪60年代，法国学者Pieree Joliot发现， 对预先保持在黑暗状态中的叶绿体给予一系列的闪光照明，第一次闪光后没有O2释放，第二次有少量O2释放，第三次则有大量的O2释放，在第四次闪光后就出现一次高峰。尔后Kok 等人据此提出了水的氧化机制模型。